肃南县疾病预防控制中心前身为肃南县卫生防疫站，始建于1955年，于2004年8月理顺体制更名为肃南县疾病预防控制中心。因我县属祁连山喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的重点疫区，于1971年设立鼠防队，并于1983年在距县城五公里的老虎沟建立了鼠疫监测检疫站。

中心现有编制23名，实有27人，其中在编22人（医生13人、护士3人、医技人员5人、会计1人），临聘3名（医技人员2名、后勤1人），公益性岗位人员2名。医务人员中共有副高级职称7名，中级职称3名，初级9名。共有业务用房面积2600㎡。内设综合办公室、应急办、检验科、鼠疫布病防治科、急性传染病防控科、公共卫生科、结核病防治科、地方病慢性病防治科、精神卫生科、性病艾滋病防治科、中医防病科11个科室。近年来，中心不断加强实验室能力建设，目前能够开展的生活饮用水水质卫生常规检测项目达42项，2020年10月建成新冠病毒核酸检测实验室并投入使用。