肃南县妇幼保健站成立于1957年，先后与县医院、县防疫站合分变迁，1974年正式恢复县妇幼保健站建制。2014年随着机构改革将妇幼保健站和计划生育服务站合并为肃南县妇幼保健计划生育服务中心，建制正科级单位。2015年国家建设项目投资计划和省级妇幼保健机构建设补助资金下达800万元，新建肃南县妇幼保健业务综合楼一幢，建址位于肃南县红湾寺镇祁丰路89号，总建筑面积2500㎡，是一座医疗和保健为一体的非营利性医疗保健机构。

肃南县妇幼保健计划生育服务中心核定编制24人，现有职工32名，其中专业技术人员29人，全院高级职称5人、中级职称5人、初级职称17人。内设妇女保健科、儿童保健科、健康教育科、计划生育技术服务科、公共卫生科、婚前医学检查室、门诊部、检验室等科室，主要承担着全县妇女儿童预防保健、婚前医学检查、计划生育技术服务、托幼机构卫生保健、妇女病普查普治、生殖健康咨询指导、基本公共卫生服务等工作。为进一步拓展妇幼保健业务工作，不断提高预防保健、医疗救治能力，通过卫生项目和政府财政的支持，现拥有四维彩超、心电图仪、全自动生化分析仪、五分类血细胞分析仪、尿液分析仪、化学发光仪、酶标仪、儿童生长发育系统评价仪、骨密度仪、听性脑干反应测试仪、耳声发射测试仪、视力筛查仪、电子阴道镜、妇科红外线治疗仪、微量元素检测仪、中医熏蒸治疗仪等医疗设备二十余台件，同时，国家项目还配备母亲健康快车、母婴巡回指导车、计划生育技术服务车。

近年来我县妇幼卫生工作，在市县政府、卫健委的领导和上级业务主管部门的指导下，以科学发展观和妇幼卫生工作方针为指导，以实施医改公共卫生妇幼项目为重点，以加快妇幼卫生事业发展为主题，以提高妇女儿童健康水平为目标，靠实责任，强化管理，扎实工作，狠抓落实，使全县妇幼卫生各项工作健康有序发展。